Весной 1998 г. появился аромат Odeur 53. Задумав включить в него запахи, которые не воспроизвести принятыми в парфюмерии методами, команда Рей Кавакубо использовала технологию solid base extraction: из редких растений и непривычных материалов (морская вода, горячий асфальт...) извлекаются молекулы, раскладываются на составляющие и воссоздаются синтетически. Число 53 в названии означает количество компонентов, входящих в композицию аромата, 49 из которых никогда ранее не использовались парфюмерами. Здесь присутствуют запахи кислорода, металла, жженой резины, лака для ногтей, вулканического пепла и кукольных волос из целлюлозы. Получился удивительный аромат - свежий, легкий, окрыляющий. "Эти духи покупаются для себя. Они не имеют отношения к сексапильности. Их цель - создать собственное комфортное пространство. Это абстрактные духи или даже антидухи", - так сказала об Odeur 53 Рей Кавакубо.

В 1999 г. в Париже открылся эксклюзивный бутик Comme des Garçons Parfume Shop, где был представлен аромат Comme des Garçons 2 - стойкая туалетная вода, по насыщенности превосходящая парфюмированную. В этом аромате воссозданные по старинным японским манускриптам компоненты совмещены с современными ингредиентами, например, – запах японских чернил, который раньше никто не решался вводить в высокую парфюмерию, соседствует с ароматом ладана. Флакон парфюма изготовлен он в виде металлизировано-зеркальной фляжки, на которой, словно гвоздём, выцарапаны цифра 2. Позже появились различные лимитированные интерпретации этого аромата во флаконах и упаковке оригинального дизайна.

2000 год стал годом рождения Comme des Garçons Odeur 71. Логика названия та же: 71 - число компонентов, каждый из которых (и синтезированный, и натуральный) неповторим и впервые использован именно в этом аромате. Бамбук, свежий сок редких растений, запах алюминиевой сварки или тостера со свежеподжаренным хлебом.

С 2000 года в парфюмерном ряду Comme des Garçons появились ароматические серии, объединенные какой-либо темой:
Series 1: Leaves ("Листья", посвященная соответственно листьям лилии, мяты, судзы и чая).
Следующий 2001 г. ознаменовался открытием бутика Comme des Garcons на улице Фобур Сент-Оноре. Насыщенный красный цвет, доминирующий в интерьере магазина и часто используемый в моделях Рей Кавакубо, предопределил появление новой лимитированной серии
Series 2: Red (все сделано из красных компонентов: красные цветы, красное дерево, красные фрукты и красные специи).
Далее последовали серии:
Series 3: Incense (2002) (так называемая религиозная, или спиритическая, линия, посвященная пяти религиозным центрам — Авиньону, индийскому Джайсалмиру, Киото, марокканскому Куарзазату и нашему Загорску).
Series 4: Cologne (2002) (три одеколона в стиле XVIII века — анбар, то есть янтарь, ветивер и цитрус).
Series 5: Sherbet (2003) (съедобные запахи — корица, мята, ревень).
Series 6: Synthetic (2004) (синтетическая серия: смола, небо, химчистка, сода и гараж).
Series 7: Sweet (2005) (простые композиции, навеянные ароматами кондитерской).
Series 8: Energy C (2008) (три энергичные цитрусовые композиции: грейпфрут, лимон и лайм).

С 2002 года лицензию на производство парфюмерной продукции Comme des Garçons Parfums купила компания Puig.
В том же 2002 г. была создана ещё одна вариация на тему парфюмерной воды - Comme des Garçons 3, а двумя годами позже – мужской вариант «двойки» – Comme des Garçons 2 Man.

Guerilla 1 и Guerilla 2 (2006).

В 2007 г. ознаменовался появлением в парфюмерном ряду Comme des Garçons ароматов класса люкс - Patchouli и Champaca. Эта серия так и стала называться - LUXE. Чуть раньше в этом же году был выпущен несложный аромат Play.

В 2008 г. появился аромат 8 88, после чего компания несколько переориентировалась на выпуск ароматов для других брендов и известных персон, не считая лимитированных выпусков - новогодних вариаций на тему "Двойки".
В результате такой совместной деятельности на свет появилось несколько удачных релизов:
- Monocle Scent One: Hinoki (2008) и Monocle Scent Two: Laurel (2010) для журнала Monocle;
- Stephen Jones Millinery (2008) - аромат, созданный совместно с известным дизайнером головных уборов стивеном Джнсом;
- H&M (2008) - аромат создан для сети одежды масс-маркет H&M;
- Daphne (2009) - аромат, созданный для Дафны Гинесс;
- Standart (2009) - аромат, выпущенный для финского дизайнерского бренда Artek;
- Dover Street Market (2009) - аромат, созданный для одноимённого лондонского магазина, где продаётся продукция Comme des Garçons;
- Holygrace (2010) и Holygrapie (2010), эти одновременно вышедшие ароматы - продукт кооперации с брендом Undecover.

В 2010 году компания вновь выпустила собственный сольный парфюм - Wonderwood.